@TouFU
こちらのドキュメントにもあるように、IMMブラシにポリペイントを登録できます。
InsertMesh brushes & PolyPaint
You can include polypaint in an InsertMesh brush. When using the brush, turn off Colorize while inserting to preserve the polypaint.
訳:インサートメッシュブラシとポリペイント
インサートメッシュにはポリペイントを含めることが可能です。ブラシ仕様時、カラライズをオフにし、挿入することでポリペイントを保持できます。
http://docs.pixologic.com/user-guide/3d-modeling/sculpting/sculpting-brushes/insert-mesh/creating-imms/
というように、IMMブラシ登録時にポリペイントがある場合には、このようにポリペイント情報が乗った状態でIMMブラシに登録できます。
この状態のIMMブラシで、モデルへの挿入時サブツールの筆アイコンをオフにし、挿入するとポリペイントが維持された状態で挿入され、その後筆アイコンを有効にすることで色情報が乗っていることが確認できます。