@takoyaki
SliceCurveでポリグループを分け、DynameshのGroupオプションを実行する際、実際の形状にはこのような形で新しいポリグループの付いた2面が発生しています。
そこで側面のみのポリグループを選択してしまうと、中の紫及び緑の部分が伸びて出てきてしまうという問題があります。
言ってしまえばシェル2つに別れているけど、ポリグループが4つに別れているという状態になります。
そこでAuto Groupsでシェル毎にポリグループを分ける必要があります。
もしこの分割を行ったパーツ以外のグループは維持したい場合には、それらを非表示にし、Auto Groupsを適用してみてください。