まずは基礎的なチュートリアルを見ていただいた方が良いとは思いますが、Aを押した際に断面のような形状ができてしまうのはZスフィアの仕様です。
Zスフィアは根元の「ルートスフィア」と、そこから派生した子のスフィアが2つ必要となり、最低3個のスフィアで構成される必要があります。
Aを押すことでプレビュー表示となり、アダプティブスキンを実行した際にどのような形状になるかを表示してくれます。
Make Polymesh3Dを押すとほかのサブツールが消える。とのことですが、Zスフィアを確定するにはアダプティブスキンを行う必要があります。
アダプティブスキンを確定すると、元のZスフィアは元のツールに維持した状態で、新規ツールにその結果を分けて生成します。なので、元のツールに切り替え、結果のメッシュを挿入することで、生成に利用したスフィアと、生成後の結果を分けて管理することができます。生成に利用したスフィアが不要な場合にはサブツールから削除できます。