@medaka
動画の56秒時点ではCTRL + 移動でギズモの複製操作をしているので、そもそも同一のサブツール内での操作です。まとめる操作を別途行っているわけではないです。

ギズモ操作で行う複製は"ジオメトリの複製"ですので、単一サブツール内。
サブツール＞複製の操作は"サブツールの複製"ですので、新規サブツールが作成されます。

サブツールをまとめる必要がある場合には、サブツール＞結合＞下と結合でサブツール一覧から現在選択しているサブツールの下のサブツールとまとめることが可能です。