@pink__bambi 少し質問内容が把握しづらいのですが、新規でサブツールとして1つサブツールの追加を行うのか、それともIMMブラシなどで新規に追加を行うのかが文章ではわからないため、2種類の回答をご用意いたしました。
まず、使用されているソフトがZBrushなのかZBrushCoreなのかも不鮮明なため、回答が難しいですが、すべて色塗りに関してはポリペイントとして考え、Core及びZBrushでも行える方法のご説明を行います。
A.形状作成（スカルプティング）、ポリペイントまで行ったサブツールの他に新規でサブツールの追加を行い、塗装を行う場合。
1.基本的に別々のサブツールのものが干渉することはあまりないため、先に作成したサブツールと、あとから新規で作成したサブツールは個別に管理されているため、アクティブなサブツール以外、影響を与えません。
サブツールの扱い方に関してはこちらの動画を御覧ください。
B.形状作成（スカルプティング）、ポリペイントまで行ったサブツール内にIMMなどで新規メッシュを同一サブツール内に差し込む場合。
1.IMMなどで形状を差し込む場合、基本的には別ポリグループとして扱われます。
ポリグループに関してわからない場合にはこちらの動画を見てみてください。
CTRL+ALT+クリックで表示を行いたいポリグループを選択することで、その部分のみの表示ができ、表示箇所だけ塗りなどを行うことが出来ます。解除を行うためにはキャンバス内の何も無い所でCTRL+ALT+ドラッグです。
同様にCTRLなどでマスクを行い、塗りを行いたくない箇所を指定することも可能です。
ポリペイントに関するわかりやすい解説が下記にあるので、御覧ください。