@manimani00
Knifeブラシがうまく機能していない場合には2パターンあります。
1.まずは左上のノート欄の部分にエラー文が表示されている場合
2.エラー文は表示されておらず、処理上はカットされているものの正常に切れていない場合。
1の場合には、表示されているエラーへの対処を。
2の場合にはメッシュに問題がありメッシュのトポロジーを直す必要があります。
とはいえ、目的の形状を得るためでしたらKnifeブラシよりはLiveBooleanを用いて、立方体で減算設定にし、動かした方が複数サブツールのカットもできますし、決定するまで臨機応変に位置を決定できるのでこちらのほうがおすすめです。