回答ありがとうございます。
>基本的には"トポロジー"が左右対称である必要があります。
ZModelerで穴を閉じた際に、シンメトリーのはずなのに左右で違う閉じ方をしてしまった箇所があったのですが、
そこが原因だったようです。
GoZでBlenderに持って行って、ミラーモディファイアを使ってみたところ、改善しました。
サブディビジョンレベルや左右で分けていたポリグループは消滅してしまいましたが・・・。
またおかしくなった際には、左右のトポロジーをきちんと確認してみます。
ありがとうございました。